Nguyễn Ngọc Lan thụ phong làm linh mục dòng Chúa Cứu Thế năm 1957. Năm 1959 ông được cử đi du học ở Pháp. Năm 1966, về nước với bằng tiến sĩ triết học đại học Sorbonne, ông đã cùng với Linh mục Chân Tín làm báo "Đối Diện" vào năm 1969 với lập trường chống chiến tranh. Trước đó ông thường viết bài cho báo Tin Sáng của dân biểu Ngô Công Đức.[2]

Sau ngày thống nhất, tạp chí Đối Diện với tên mới là "Đứng dậy" và nhật báo Tin Sáng là hai tờ báo được phép tái bản. Nhưng đến năm 1978 thì tờ "Đứng Dậy", theo lối viết của đài BBC, bị chính phủ Việt Nam bắt "ngồi xuống" (đóng cửa). Năm 1976 ông đã hoàn tục và lấy vợ.

Theo giáo sư Đỗ Mạnh Tri, một trí thức Công giáo hiện sống ở Pháp, thì thời gian đầu sau 1975, Nguyễn Ngọc Lan và cha Chân Tín sẵn sàng cộng tác với chính quyền mới để đưa đất nước tiến lên, "Nhưng chính quyền chỉ muốn dùng họ như công cụ cho ý đồ toàn trị. Hai người này thì cứ ung dung ta nói điều ta nghĩ. Và họ đã phải trả giá rất đắt. » [2]

Ngày 05.8.1990, Nguyễn Ngọc Lan bị công an xét nhà và tuyên lệnh quản thúc ông 3 năm tại gia, sau khi ông cho in 3 Nhật Ký Nguyễn Ngọc Lan: Nhật Ký 1988, Nhật Ký 1989-1990, Nhật Ký 1990-1991 do Tin Nhà Paris xuất bản.

Sau đó ông hợp tác chặt chẽ hơn với tạp chí Tin Nhà ở bên Pháp của Giáo sư Đỗ Mạnh Tri, một người bạn cũ. Sau khi Tin Nhà đóng cửa, để duy trì cho được một tiếng nói phản kháng ngay tại Sài Gòn, anh đã vận động cho sự ra đời của "Thư Nhà" (do linh mục Chân Tín, sau đó là linh mục Hồ Đỉnh làm Tổng biên tập)[3].

Dưới thời Việt Nam Cộng hòa, ở chiến khu, Bí thư Trung ương Cục Phạm Hùng có lần bảo Trần Bạch Đằng, lúc đó Bí thư tỉnh ủy Sài Gòn, chú ý bảo vệ Nguyễn Ngọc Lan, nghe đâu ông đi lại bằng một chiếc xe gắn máy cũ kỹ, rất dễ bị ám hại.[4] Nhưng chính dưới thời Việt Nam Xã hội Chủ nghĩa (30 năm sau, ngày 4 tháng 5 năm 1998), Nguyễn Ngọc Lan và linh mục Chân Tín đã bị "kẻ lạ" (theo giáo sư Nguyễn Ngọc Giao viết trên BBC đây là công an mặc thường phục) đạp vào xe Honda, trên đường đi đám tang một người phản tỉnh khác vừa từ trần là Nguyễn Văn Trấn (Bảy Trấn). Theo tờ Tin Nhà số 34, tháng 7 năm 1998, Pháp, trang 20, thì "Giáo sư Nguyễn Ngọc Lan bị bất tỉnh ngay tại chỗ, mất nhiều máu, đưa vào bệnh viện khâu năm mũi ở đầu và bị nứt xương vai. Chụp scanner thấy trong đầu có máu bầm... Chân Tín bị xây xát."[5]."[6]

Ông qua đời tại Sài Gòn vì bệnh phổi vào ngày 26 tháng 2 năm 2007.